Monumento Natural Cinco Hermanas
En la entrada al fiordo Aysén, a 50 km de la ciudad de Puerto Aysén, se encuentra esta unidad, compuesta por seis pequeñas islas, con un total de 228 hectáreas.
Monumento Natural Dos Lagunas
La unidad Dos Lagunas está ubicada en la Región de Aysén, comuna de Coyhaique. Fue creada el 13 de octubre de 1982, por el Decreto Supremo 160.
Reserva Nacional Lago Carlota
La Reserva Nacional Lago Carlota está ubicada en la comuna de Lago Verde, provincia de Coyhaique, Región de Aysén, a 230 km al nororiente de la capital regional.
Reserva Nacional Lago Las Torres
La unidad Lago Las Torres está ubicada en el kilómetro 120 del camino longitudinal Austral Norte, en las comunas de Coyhaique y Lago Verde, provincia de Coyhaique, Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo.
Reserva Nacional Lago Rosselot
La unidad Lago Rosselot está ubicada a 268 km al norte de Coyhaique, en la localidad de La Junta, comuna de Cisnes, provincia de Aysén, Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo. Fue creada mediante DS 524 del 31 de octubre de 1968 como parque nacional y luego, desafectada y recategorizada como reserva nacional el 13 de octubre de 1983.
Reserva Nacional Las Guaitecas
La unidad Las Guaitecas está ubicada en las comunas de Cisnes y Aysén, provincia de Aysén, Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo. Forma parte del archipiélago Los Chonos. Fue creada por DS 2612 del 28 de octubre de 1938.
Reserva Nacional Río Simpson
La unidad Río Simpson, ubicada en el kilómetro 37 de la ruta que une las ciudades de Coyhaique y Puerto Aysén, pertenece a las comunas nombradas, en las provincias del mismo nombre, de la Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo.
Reserva Nacional Coyhaique
La unidad Coyhaique está ubicada al noreste de Coyhaique, en la comuna y provincia del mismo nombre de la Región de Aysén. Fue creada por el DS 1155 del 13 de mayo de 1948.
Reserva Nacional Trapananda
La unidad Trapananda está ubicada a 45 km de Coyhaique, en la comuna y provincia del mismo nombre, Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo. Fue creada por DS 357 del 27 de agosto de 1992.
Reserva Nacional Katalalixar
La unidad Katalalixar está ubicada en la comuna de Tortel, provincia de Capitán Prat, en la Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo. Fue creada mediante el DS 780 del 21 de diciembre de 1983 y la conforman 674.500 hectáreas.
Parque Nacional Isla Magdalena
La unidad Isla Magdalena está ubicada en la Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo, comuna de Cisnes, Provincia de Aysén. Fue creada el 25 de mayo de 1983, por el DS 301.
Parque Nacional Bernardo O’Higgins
El Parque Nacional Bernardo O’Higgins administrativamente corresponde a las comunas de Tortel (provincia del Capitán Prat, Región de Aysén) y Puerto Natales (provincia de Última Esperanza, Región de Magallanes y Antártica Chilena). En esta última provincia está la mayor extensión del parque. Fue creado el 22 de julio de 1969, por DS 264 del Ministerio de Agricultura. Ha sufrido posteriores modificaciones, por causa de diferentes decretos.