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Las islas Marta y Magdalena poseen sitios de alto valor escénico que, por su numerosa y variada avifauna. Ambas presentan una topografía mesetiforme, de baja altura.
El objetivo fundamental de esta Unidad es la protección de la avifauna que anida tradicionalmente en el sector, encontrándose allí una de las mayores colonias de pingüinos del sur de Chile.
FLORA
En Isla Magdalena la vegetación es escasa. No obstante, en las secciones libres de pingüinos y gaviotas australes se han establecido algunas gramíneas.
En cambio, Isla Marta es una comunidad desértica con el suelo totalmente desnudo, sin cubierta vegetal.
FAUNA
La belleza del lugar está dada por la colonia de pingüinos que nidifica en el área, así como por la presencia de otras especies de aves y mamíferos que usan el lugar para reproducirse.
En Isla Magdalena nidifican aproximadamente 69.000 parejas de Pingüino Magallánico (Spheniscus magellanicus), mientras que en Isla Marta nidifica una colonia de Cormorán Imperial (Phalacrocorax atriceps). Además, en el extremo suroeste de la isla se reproducen dos especies de lobos marinos: de Un Pelo (Otaria flavescens) y de Dos Pelos (Arctocephallus australis). La lobería de isla Marta constituye un área de reproducción para ambas especies, en tanto que isla Magdalena es sólo un posadero.
Entre septiembre y marzo de cada temporada se produce en el área una íntima relación ecológica entre una gran cantidad de aves de más de siete especies. Además de las ya mencionadas, llegan a las islas ejemplares de Gaviota Austral, y Skua o Gaviota salteadora.
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